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python绘制好看的棒棒糖图

棒棒糖图(Lollipop Chart)作为柱状图和点图的一种变体,因其简洁和清晰的特点在科学研究中越来越受欢迎。这种图表巧妙地结合了柱状图和散点图的优势,提供了一种视觉上更为吸引人的数据表示方式。

棒棒糖图介绍

在棒棒糖图中,每个数据点通过一个“棒棒糖”来表示,包含一条线(棒)和线末端的一个圆点(糖果)。线的长度表示数值的大小,而圆点则突出了具体的数据点。这种格式特别适合比较有限数量的类别或时间点,使其成为生物学、医学和环境科学等领域数据可视化的优秀选择。

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使用Python下载m3u8流媒体并嵌入到AMP网页中

在短视频和直播流行的年代,很多时候视频的存在形式不再是mp4,mkv等传统视频格式,而是m3u8这种流媒体格式,那么如果想下载喜欢的视频的话就需要做另外的处理。本文将以实际例子,详细介绍如何在Python环境下,下载m3u8流媒体数据,并将其嵌入到AMP网页中进行播放。下面就让我们详细了解一下全过程。

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python绘制雨云图(Raincloud)

在做探索性分析时,条形图、箱线图是很好的方法,他可以很好地展示大概的数据结构与分布,由于最近看到有人使用使用雨云图展示数据,图形看起来很美观,有趣,因此这里也就进行了梳理并使用python实现雨云图的绘制。

介绍

雨云图其实是一种混合图,由四部分组成,它们分别是 violin plot(云)、boxplot(伞)、swarm plot(雨)。

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典型相关分析介绍及python实现

在处理单个高维数据时,通过可以通过LDA,PCA,等等方法进行降维处理,但是如果某两个数据来自同一个样本,但是数据类型不同,差距巨大时,怎么办呢?这个时候就是典型相关性分析(Canonical Correlation Analysis,CCA)的应用场景.CCA允许我们同时从两套数据分析.典型的应用场景就包括生物学上的联合分析,同一组样本,同时检测转录组和蛋白组,转录组和代谢组以及微生物代谢组等等,更详细的内容可参考维基百科.

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matplotlib画图时进行颜色填充

在python中matplotlib进行绘图时,有时为了图形的美观,需要在其上方或者下方进行颜色填充,这时需要采用的函数是fill_between,其中参数y2决定第二条线,如果是向上还是向下填充,下面具体展示:

数据生成

我们这里以正弦函数为例

import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
n = 1024
x = np.linspace(-np.pi, np.pi, n, endpoint=True)
y = np.sin(2 * x)
plt.plot(x, y, color='blue', alpha=1.00)
plt.savefig("sin.png",dpi=200)
plt.close()

画出来的正弦函数图为:

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使用bootstrapping计算置信区间

概念

置信区间(confidence interval,ci)是总体数值在特定可信度下的区间。 它是根据原始观测样本估计的,通常定义为 95%.即通常所说的95%置信区间.

为何使用置信区间

一般情况下,获得的样本都是抽样得到的,总体是未知的,这样从样本中获得的数据没法直接反映总体情况,为了表示样本表示总体的情况,置信区间也就有了用武之地.

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c-index及其在生存分析中的应用

一致性指数(concordance index)或者说c-index是用于评估算法预测效果的参数.定义上是指素有时间点上一致性对的比例.该参数在生物学上比如癌症预测上具有重要意义,可以用来评估癌症生存期预测的好坏.在python中可以使用lifelines包下的工具的concordance_index函数进行计算下面从具体的例子看看其具体的意义. 假设实际应用中有个癌症研究,其中6个患者的生存期情况分别为1个月,6个月,12个月,2年,3年,5年,如果预测结果为1个月,6个月,12个月,2年,3年,5年.那么该预测完全正确,c-index最高,为1,计算代码如下:

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python原生list数组与numpy的array

在python中存储集合数据可以选择多种原生数据类型,包括list,array,tuple,dictionary四种类型.其中list可变性强,可存储任意内容并且可变,应用范围广泛.而在进行科学运算,存储纯数字时,numpy被广泛应用,可以说基本完全替代了list.那么它们之间有何不同,差距到底有多大,实际过程中应该如何应用呢?

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K-Means聚类及sklearn实现

本文章将从数学及代码角度阐述K-Means聚类方法的原理及应用。

聚类分析允许我们找到相似样本或者feature的组,这些对象之间的相关性更强。 常见的用途有包括按照不同的基因表达情况对样本进行分组,或者根据不同样本的分类对基因进行分组等。 本文将会介绍聚类算法中的k-means:

  • k-means聚类的基本概念
  • k-means 算法背后的数学原理
  • k-means的优缺点
  • 使用scikit-learn 包实现
  • 可视化分类
  • 选择最优的k

k-means聚类的基本概念

k-means是一种高效的无监督的聚类方法,最初用于信号处理,旨在将n个观测值划分为k个簇,其中每个观测值都属于具有最近均值的簇(簇中心或簇质心),作为群。很容易混淆的另一种聚类方法是监督学习算法k-nearest neighbors (KNN),需要注意。

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python绘图中的四个绘图技巧

在可视化数据时,通常需要在单个图形中绘制多个图形。 例如,如果您想从不同的角度可视化相同的变量(例如,数字变量的并排直方图和箱线图),则多个图形很有用。 在这篇文章中,我分享了绘制多个图形的 4 个简单但实用的技巧。

数据集📦

让我们导入包并更新图表的默认设置,为图表添加一点个人风格。 我们将在提示上使用 Seaborn 的内置数据集:

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