包含标签 R 的文章

使用SomaticSignatures进行突变数据的signature的判断

2022年4月9日

| 技术

SomaticSignatures包于2015年发表在bioinformatcis杂志上，该杂志为专业的生物信息学杂志，该包旨在通过对肿瘤的single-nucleotide variants(SNP)数据进行分析，找到肿瘤发生发展，演化机制。本文将介绍如何使用snv数据分析得到该肿瘤的特征snp。

数据准备

数据需要的是SNP数据，其中需要的数据有"Sample",“chr”, “pos”,“ref”, “alt”，分别为样本，染色体，snp起始位置，结束位置，参考ref的碱基，alt的碱基。对于下载到的TCGA的数据，我还是使用python处理好。原始数据

……

阅读全文

R如何安装老版本R的包

2022年3月15日

| 技术

为什么要安装老版本的包

为了应用R版本更新带来的效率提升和bug消除，我将服务器上的R升级到了最新版本（当前为4.1），然后在使用一些包的时候就会出现

Warning message:
“package ‘clusterProfiler’ is not available for this version of R

或者

Warning message:
“package ‘EnrichmentBrowser’ is not available for this version of R

Warning message:
“package ‘qvalue’ is not available for this version of R

这样的错误，这是由于clusterProfiler或者EnrichmentBrowser,qvalue没有跟的上R的更新步伐，如果需要在新版本上使用的话，必须要使用一些特别的安装手段

……